Vilgax:
É um dos piores inimigos de Ben, e apareceu logo de cara no primeiro episódio atrás da nave que estava transportando o omnitrix (mais tarde descobrimos que a transportadora do omnitrix é Xylene). O objetivo principal de Vilgax é capturar o relógio, montar um exército de guerreiros cada um com um omnitrix e dominar cada planeta da Galáxia. Vilgax ainda por cima foi o responsável pela destruição de Petropia, o planeta de Tetrax e do Diamante, alienígena de Ben.

Kevin 11:
Um garoto de rua, que nasceu com dom incrível. Pode absorver energia de qualquer objeto eletrônico ou que contivesse eletricidade, abandonado pelos pais e vivendo sozinho num lugar abandonado sem amigos ou família, não teve quem o orientasse sobre o que é certo ou errado, por isso o garoto de apenas onze anos tornou-se um marginal frio que não se importa com ninguém.

Fantasmático:
Foi aprisionado como uma das formas alienígenas de Ben, mas escapou do Omnitrix. Sua personalidade má foi aprisionada dentro do seu DNA quando foi amostrado. Fantasmático é mais tarde substituído por Raio de Canhão na abertura da série na terceira temporada.

Os 10 Negativos é o nome do grupo de bandidos recrutados pelo Forever King para destruir Ben. O grupo é constituído por:

Rei dos Cavaleiros Eternos

Forever Knight Ninja:
Dedicado servo do rei qualificado em lutar.

Dr. Animal:
Dr. Aloysius Animal é um brilhante cientista que inventou uma máquina chamada "transmorfizador". Essa máquina alterava o DNA dos animais e fazia-os criaturas fantásticas, gigantescas, ferozes e monstruosas. Todos ao comando dele.

O Trio de aberrações de circo (Ácido, Mortrança e Polegares)

Robótica:
Armada com uma nova armadura cibernética fornecidas pelos Cavaleiros.

Clancy:
É um vilão perturbado, pode controlar vários tipos de insetos (vespas, formigas, cupins, abelhas, baratas, aranhas, etc.). Quando retira seu casaco, ele tem um corpo de inseto, que é capaz de lhe fazer voar e cuspir insetos (além de agir como um).

Encantris:
É uma feiticeira e sobrinha de Hex, porém não tem a mesma experiência que seu tio. Encantris provou ter um poder impressionante pois possui uma bolsa (ou sacola) bem pequena na qual cabe qualquer coisa, que ela guarda truques de feitiços e etc.

Sublimino:
É um hipnotizador que parece um soldado, ele pretende construir um relógio gigante para hipnotizar todo mundo.